L’école Saint-Christophe a ouvert ses portes en septembre 1999 accueillant 17 élèves de la maternelle à la 6e année. C'est grâce à la mobilisation des parents francophones de Wainwright en 1998-1999 qu'un programme de français langue première a vu le jour. En septembre 1999, l'école a ouvert dans l'école Blessed Sacrament. Deux classes jumelées accueillaient les 17 élèves, dans un local sans fenêtre mais bien emménagé par les enseignantes Patricia Reddy et Isabelle Landry.
En 2001, le Conseil scolaire Centre-Nord (CSCN) a fait l'acquisition du Portage College pour y déménager l'école, ainsi que d'un bâtiment adjacent pour l'utiliser comme salle d'activités. En 2001 et 2002, le CSCN a fait installer trois classes portatives rattachées à la salle d'activités. Dans son plan d'immobilisations 2017-2020, le CSCN recommande la modernisation et la contruction d'un gymnase pour l'école Saint-Christophe, mais aussi la possibilité de construire un nouveau bâtiment.
En 2015-2016, l'école a souligné sa 17e année. Elle accueille aujourd'hui une cinquantaine d'élèves, de la maternelle à la 12e année. L'école héberge également le programme de prématernelle 3 et 4 ans "Les Coccinelles".